В зависимости от конкретных технологий и решаемых задач, Фитомониторинг подразделяется на - классический, комплексный и перспективный. Особое значение фитомониторинг приобрёл (в силу особенностей своего исторического развития) при контроле за овощными и зеленными культурами, выращиваемыми в закрытых помещениях с регулируемыми условиями. Многолетние исследования показали, что разработанный инструментарий и технологические методы Фитомониторинга полезны при решении следующих задач: 1) Создание биологической обратной связи в системах регулирования параметров окружающего растения микроклимата; 2) Диагностика растений на стрессоустойчивость в неблагоприятных окружающих условиях; 3) Контроль за экологией среды и её влияние на изменение физиологических процессов растительных организмов.